تعود جذور الكنيسة الكلدانية الى كنيسة المشرق. نشأت كنيسة المشرق في ما يعرف حاليا بالعراق او بلاد ما بين النهرين ويعود تاريخها الى القرون المسيحية الاولى. وقد انتشرت المسيحية في هذه البقاع على يد توما الرسول وتلاميذه.

تعتمد الكنيسة الكلدانية اللغة الارامية الحديثة، والتي كانت اللغة المستخدمة في كنيسة المشرق وبلاد ما بين الرافدين او بين النهرين. يعرف التاريخ ان المسيحية انتشرت في هذه المنطقة ابتداءا من الرها (اورفا – تركيا الحالية)، وتشير المصادر ان الترجمة السريانية الاولى للعهد الجديد قد تمت فيها. تضمنت الرها مدرسة لاهوتية معروفة والتي نشأت العديد من الشخصيات المعروفة.

تعتبر ليتورجية كنيسة المشرق احدى اقدم الليتورجيات والتي كتبت من قبل تلاميذ مار توما الرسول، اي مار ادي ومار ماري. تزعم بعض المصادر ان مار ادي (تداوس) هو نفسه من الرسل الاثني عشر. تعرف هذه الليتورجية بصلواتها القديمة وترانيمها التي رنمت من القدم وتعرف بشكل خاص بشهادة الشهداء القديسين الذين اضطهدوا خلال الاضطهادات التي شهدت عليها الكنيسة. لذا تسمى كنيسة المشرق ب”كنيسة الشهداء”.

لقد تبنت كنيسة المشرق تسمية “الكنيسة الكلدانية” عند محاولتها الاولى للانضمام للكنيسة الكاثوليكية عام 1340، لكن المحاولة لم تكن ناجحة. لكن من خلال مجمع فلورنسا استطاعت الكنائس تحقيق هذه الوحدة ووحدت ايمانها وعقيدتها واصبحت كنيسة المشرق منتمية الى كرسي روما.

ولكن سرعان ما بدأت الانشقاقات بعد المجمع وفي عام 1552 واجهت كنيسة المشرق بعض الصراعات حول هرمية السلطة الكنسية بسبب الخلافة البطريركية المتوارثة، والتي تأسست من قبل البطريرك شمعون الباصيدي ونتيجة لهذه القرارات ونزاعا عليها، اختير يوحنان سولاقا الذي كان رئيس دير ربن هرمز انذاك، بطريركا من قبل الذين رفضوا الخلافة بالوراثة.

وعليه سافر الى روما في 1553 وعين رسميا من قبل الحبر الاعظم بطريركا لكنيسة المشرق والتي كان مقرها في امد (دياربكر). في هذه الاثناء كان خليفة الباصيدي، شمعون السادس برماما لا يزال حيا وكامنا في الموصل. استمر هذا الاتحاد لغاية عام 1662 حينما قرر شمعون الثالث عشر دنخا، العودة الى عقيدة كنيسة المشرق وتقليدها قبل الانضمام الى كنيسة روما. ويعود هذا الخط البطريركي اليوم الى منطقة هكاري.اي في القرن السابع عشر عاد خط موصل البطريركي وخط هكاري الى العقيدة التقليدية لكنيسة المشرق وانهتا الاتحاد مع روما.

عند وصول المبشرين الكاثوليك الى امد، قرر المطران يوسف الاول الاتحاد مع روما وعليه أسس خطا بطريركيا جديدا في امد، وامتد هذا الخط حتى وفاة اخر بطريرك له اي يوسف الرابع في 1828. كان هذا الكرسي البطريركي كاثوليكيا منذ تأسيسه وحتى انتهائه، واصبح لاحقا خطا واحدا مع كرسي الموصل.

في 1830، اختير يوحنا هرمز، والذي انحدر من الخط البطريركي في القوش-الموصل، بطريركا على  بابل من قبل البابا بيوس السابع. ومنذ ذلك الوقت اصبحت الكنيسة الكلدانية في اتحاد مع روما. في الوقت الحالي، يعتبر البطريرك الكاردينال لويس روفائيل ساكو خلفا لهذا الكرسي البطريركي، والذي تأسس في ساليق قطيسفون (بغداد حاليا) من قبل مار ماري. وعليه، تبنت الكنيسة في المشرق والمتحدة مع كرسي روما، اسم الكنيسة الكلدانية الكاثوليكية.

تعتبر الكنيسة الكلدانية الكاثوليكية احدى الكنائس الذاتية الحق (اي الكنائس التي لديها مجموعة قوانين خاصة بها، بجانب قوانين الكنائس الشرقية، ويترأسها شخص البطريرك بعد الحبر الأعظم)، أي ان لها هرمية كنسية خاصة بها. وتتبين هذه الخصوصية من خلال الطقس واللغة المعتمدة فيه والعديد من الخاصيات الاخرى. تقع البطريركية الكلدانية في بغداد في الوقت الحالي ويترأسها البطريرك الكاردينال لويس روفائيل ساكو.