تعود جذور ايبارشية اربيل الى ما كان يعرف بايبارشية حدياب والتي غطت المنطقة الشمالية لبلاد الرافدين، اي اربيل ونينوى. وبحسب دليل الكنيسة الكلدانية لعام 2021، اسست ايبارشية حدياب على يد البطريرك فافا في القرن الثالث الميلادي، وانتمى اليها العديد من الكراسي الاسقفية. عرفت هذا الايبارشية بمؤسساتها العديدة واديرتها وكنائسها. ولكن بسبب الاضطهادات المستمرة، ضعفت الايبارشية. اعيد انشأها بعد فصلها من ايبارشية كركوك والسليمانية عام 1968 تحت اسم ايبارشية اربيل والتي انتمى لها الكرسي الاسقفي.

اول اسقف عين لهذه الايبارشية كان المطران مار اسطيفان بابكه (1969 – 1994). تبعه الاساقفة: مار حنا مرخو (1994- 1996)، مار جاك اسحاق (1997 – 2001)، مار يعقوب دنحا شير (2001 – 2005). حاليا يتراس الايبارشية المطران مار بشار متي وردة الذي انتخب اسقفا عام 2010. تعتبر كاتدرائية مار يوسف الكلدانية المقر الرسمي للايبارشية وتعتبر كل من خورنات شقلاوة وكويه وارموتا تابعة لايبارشية اربيل الكلدانية.

تعرف اليوم الايبارشية لكثرة نشاطاتها ومؤسساتها التي تتضمن غايات تعليمية، صحية، انسانية وروحية. يمكن القول ان ايبارشية اربيل قد استعادت مجد جذورها، ايبارية حدياب، التي تشتت بسبب العنف والاضطهاد.